掃描電鏡樣品高度差很大時，對成像和操作都會產生明顯影響，而且在高倍下問題會被放大。

直接的影響是對焦困難。高度差大的樣品，不同區域需要完全不同的焦距，某一處清楚時，其他位置就會虛，尤其在高倍率下景深很淺，整體很難同時清晰。

其次是亮度和對比度不一致。樣品表面起伏大會導致電子收集效率變化，高處和低處信號強弱不同，圖像容易出現一邊亮、一邊暗，層次不均勻。

高度差還會引起像差和畸變。樣品局部距離物鏡太近或太遠，會偏離適合的工作距離，邊緣區域更容易出現模糊、拉伸或變形。

如果高度差接近或超過安全工作距離，還存在撞鏡或碰探測器的風險，尤其是在調焦、換倍率或移動樣品時。

在低加速電壓和高倍成像時，高度差還會加重充電效應，局部區域更容易發亮、閃爍或細節丟失。