有區別，而且在操作方法、樣品制備、成像效果等方面差別不小。

1. 導電性差異

金屬：天然導電，電子束轟擊后電荷容易流走，不會產生明顯充電效應，成像穩定。

非金屬（絕緣體）：電子束轟擊時電荷會在表面積累（充電），導致圖像發亮、漂移甚至失真，需要采取額外措施（如鍍膜或低真空模式）。

2. 樣品制備

金屬：通常不需要額外導電處理，只需清潔、固定即可。

非金屬：

鍍導電膜（如金、鉑、碳）

低真空/環境 SEM 模式（用氣體中和電荷）

降低加速電壓（減少充電）

3. 成像模式

金屬可使用高加速電壓（10–30 kV）獲得高分辨率圖像。

非金屬常用低電壓（1–5 kV）減少充電，同時可能需要使用背散射電子（BSE）或低真空模式提高圖像質量。

4. 元素分析（EDS/EDX）影響

金屬樣品的 EDS 光譜背景噪聲低，峰值清晰。

非金屬樣品如果鍍膜，會引入額外元素（如 Au、Pt、C），影響分析結果，需要在解釋數據時考慮。