掃描電鏡樣品表面經常附有灰塵，硅酸鹽或油污，尤其是線切割或敲碎的樣品，粘有大量污染物和碎片，不宜直接觀察。所以要做好樣品表面的清潔，常用的清潔樣品方法如下：

1、使用洗耳球或者氣槍進行吹拂。

2、超聲清洗

 將樣品放入盛有適量的無水酒精和丙酣的容器，進行超聲清洗， 若超聲過程中溶液仍混濁， 更換溶液后繼續清洗， 直至樣品洗凈。

3、去除污染物

金屬的陳舊斷口表面多有銹跡或污染物，可利用蘸有丙酬的AC紙（醋酸纖維素膜）緊壓表面，干透后將AC紙剝下，污染物被剝離，有時需重復數次，然后將樣品放入丙酣中超聲清洗，溶掉表面的AC紙，露出斷口。鐵質樣品清潔后若不能及時觀察，可放入無水酒精中密封保存或者放入真空手套箱中保存。電火花切割斷口試樣時，可以使用保鮮膜將斷口保護起來，避免斷口粘上污染物。

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